Operaen hadde urpremiere i 1791, og det var Mozart sjølv som dirigerte, medan Schikaneder spelte rolla som fuglefangaren Papageno. Berre to månadar seinare døydde Mozart.
AKT I
Tamino, ein kjekk prins, har gått seg vill og blir plutseleg angripen av ein slange. Han svimar av, men blir redda av tre damer. Når Tamino vaknar, møter han fuglefangaren Papageno, og Tamino trur det er Papageno som har redda han frå slangen, noko Papageno gladeleg tek æra for.
Dei tre damene kjem tilbake og viser Tamino eit portrett av ei jente. Det er Pamina, dottera til Nattas dronning, og Tamino blir straks forelska. Dei tre damene fortel at Pamina har blitt kidnappa av den vonde og mektige Sarastro. Tamino tek på seg oppgåva med å finne og frigjere Pamina, og til å hjelpe seg får han ei magisk fløyte som han kan bruke når farar trugar. Papageno blir motvillig med på ferda og får også eit hjelpemiddel: eit klokkespel.
Papageno blir send i førevegen. Akkurat idet han dukkar opp, klarar Pamina å rømme frå fangevaktaren Monostatos. Papageno fortel Pamina at Tamino elskar henne og er på veg for å redde henne. Tre gutar har vist Tamino vegen til visdommens tempel, der han får vite at Pamina lever, og at det ikkje er Sarastro som er vond, men Nattas dronning. Ved hjelp av tryllefløyta kallar Tamino på Papageno. Monostatos og livvaktene tek Papageno og Pamina til fange, men ved hjelp av klokkespelet klarar Papageno å forhekse dei.
Sarastro fører Pamina og Tamino saman. No skal Tamino vise at han er verdig kjærleiken til Pamina.
AKT II
Sarastro vil teste Tamino og Papageno gjennom ein serie prøvingar. Den første prøven består i å teie, sjølv om dei skulle bli freista av kvinners lokkerop og forføringar.
Monostatos prøver å tvinge seg på Pamina, som i siste augneblink blir redda av mora, Nattas dronning. Ho gir dottera ein dolk og krev at ho drep Sarastro. Pamina høyrer fløyta til Tamino. Ho finn han, men blir møtt av tausheita hans og trur at han ikkje elskar henne lenger.
Papageno, som har gitt opp alt som handlar om prøvane, er nøgd om han får eit glas vin og ei jente. Pamina er fortvila over den stumme Tamino og vil helst døy, men blir stoppa av tre gutar som fortel henne at Tamino elskar henne. Ho blir på nytt sameina med Tamino, og dei må gjennomgå den siste prøven av eld og vatn saman. Ved hjelp av tryllefløyta kjem dei seg uskadde gjennom. I mellomtida har Papageno med klokkespelet sitt og med hjelp frå dei tre gutane funne sin store kjærleik, Papagena.
Saman med Nattas dronning prøver Monostatos å stoppe sameininga av Tamino og Pamina, men utan å lykkast. Tamino og Pamina blir til slutt tilbedne som gudar av Sarastro og krinsen hans.